Para lograr el buen funcionamiento de la Empresa, se conformó bajo dos tipos de estructuras organizativas, una es la proyectizada y otra es la funcional. Cada una según el requerimiento del proceso requerido por la organización para su funcionamiento.
El organigrama proyectizado comprende las actividades referentes a construcción, mantenimiento de equipos e instalaciones, esto principalmente debido a que son estructuras que se conforman, amplian o reducen de acuerdo al proyecto que se maneje, por lo cual necesitan de una estructura flexible que ofrezca satisfacer las necesidades de cada proyecto a emprender por la Unidad.
El organigrama funcional comprende las actividades que sirven de apoyo a las gerencias proyectizadas, son actividades de carácter recurrente basadas en procesos definidos y que no necesitan cambios dentro de su estructura para ejecutar el trabajo.
Ambos tipos de organización se coordinarán mediante un comité que dispone de las responsabilidades y actividades a ejecutar para cada proyecto.